市場與支持 News

ASMS亮點: Matthias Mann和Reudi Aebersold組聯合發布4D-LFQ新的解決方案——diaPASEF

發布時間: 2019-06-14
瀏覽量: 5
來源:


在美國ASMS大會上,添加了ion?mobility維度的4D蛋白質組學技術成為了焦點。繼2018年底,Matthias Mann從硬件革新的角度闡釋了其巨大的潛力之后[1],今年5月27日同樣來自馬普研究所的Jurgen Cox組發表了關于4D label-free的shotgun定量方法,通過四維對齊的方式顯著減少了missing?value,并提高了定量的準確性[2]。僅僅幾天之后的5月31日,Matthias MannReudi Aebersold組又聯合在bioRxiv上發布了新的數據非依賴采集的4D lable-free定量方式——diaPASEF[3],并在隨后的ASMS大會上進行了展示(圖1)


ASMS亮點: Matthias Mann和Reudi Aebersold組聯合發布4D-LFQ新的解決方案——diaPASEF?圖1?在ASMS大會上關于4D?label-free的diaPASEF方法的報告


Shotgun(也被稱為DDA)是目前廣泛使用的蛋白質組學方法,隨著軟硬件技術的發展,其在檢測深度、通量和定量準確性方面都取得了巨大的進步,并在臨床樣本的分析中取得了諸多應用。然而, DDA方法因為其采集的隨機性導致了其在定量重復性上的巨大挑戰。相反,采用分段式采集的DIA的思路則解決了隨機性的問題,并在重復性上有著出色的表現。然而傳統DIA也有其本身的困境:其分段式采集導致了譜圖的復雜性極高,給后續的分析帶來巨大困難。縮窄采集窗口可以降低這種復雜性的問題,但是會繼而導致cycle?time的增加并降低離子利用率。


4D蛋白質組技術不論對DDA還是DIA的方式,都能夠帶來革命性的進步。在DDA方面,通過4D對齊的方式,MBR-ddaPASEF技術顯著降低了missing?value的問題[2]。而在DIA采集模式下,diaPASEF技術能夠實現幾乎100%的離子利用率,并在檢測深度和定量準確性方面有出色的表現。其基本原理如下:在4D蛋白質組中,離子淌度維度和m/z維度是有一定相關性的,例如高的m/z對應著低的ion?mobility。利用這個特點,可以采用與之匹配的步進式掃描,來采集近乎完全的母離子進行后續碎裂(圖2)。在完成信號采集之后,作者還在OpenSWATH的基礎上開發了Mobi-DIK軟件包來進行數據的分析。


ASMS亮點: Matthias Mann和Reudi Aebersold組聯合發布4D-LFQ新的解決方案——diaPASEF?圖2 在diaPASEF中的采集窗口移動示意圖


那么,這種4D環境下的新的定量方法,在復雜樣品的分析中實際表現如何呢?作者使用diaPASEF對Hela細胞的裂解液進行了分析(圖3)。從圖3左側可以看到,diaPASEF對2或3電荷的母離子進行了幾乎完全的采集。而從圖3的右側可以看出,使用200ng樣品,120min梯度情況下,共檢測到7,565個蛋白,其中6,974個蛋白在三次重復中被共同定量到(占比92%),在蛋白水平的CV值中位數為11.5%,展現出良好的重復性。


ASMS亮點: Matthias Mann和Reudi Aebersold組聯合發布4D-LFQ新的解決方案——diaPASEF

圖3 使用diaPASEF對Hela細胞的分析結果展示


diaPASEF和前幾天提出的MBR-ddaPASEF,分別從不同的角度入手,顯著改善了傳統DIA和DDA中面臨的問題。這兩種方法都充分利用了第四維ion?mobility的信息,實現了更加specific的匹配,在擴大檢測深度的同時提高了準確性,體現了4D label-free定量方法的強大能力,并且在大規模隊列樣本分析中有廣闊的應用前景。


參考文獻

1.?Florian Meier,?et al., 2018,?Online Parallel Accumulation–Serial Fragmentation (PASEF) with a Novel Trapped Ion Mobility Mass Spectrometer.?Molecular & Cellular Proteomics.

2.?Nikita Prianichnikov,?et al.,?2019,?MaxQuant software for ion mobility enhanced shotgun Proteomics.?BioRxiv.

3.?Florian Meier,?et al., 2019,?Parallel accumulation – serial fragmentation combined with dataindependent acquisition (diaPASEF): Bottom-up proteomics with?near optimal ion usage. BioRxiv.


新聞推薦 NEWS
Copyright ?2018-2020 杭州景杰生物科技有限公司
犀牛云提供云計算服務
X
合作
交流
1

QQ設置

3

SKYPE 設置

4

阿里旺旺設置

等待加載動態數據...

等待加載動態數據...

5

電話號碼管理

  • 400-100-1145
6

二維碼管理

等待加載動態數據...

等待加載動態數據...

展開
合作交流
填寫信息,我們的專屬學術顧問將為您解答疑問!
江苏快三计划网大小 专栏| 赤壁市| 泗水县| 德昌县| 梁山县| 旬阳县| 光山县| 阿城市| 米林县| 大安市| 永寿县| 九台市| 开化县| 平乐县| 富宁县| 思南县| 屏山县| 长海县| 安康市| 哈尔滨市| 万宁市| 大洼县| 江川县| 慈溪市| 泸定县| 泸西县| 通州市| 连南| 屏东市| 江阴市| 桃江县| 西充县| 松江区| 明溪县| 沂水县| 理塘县| 富源县| 宁河县|